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アニメの最終回の後日譚として、熔けたアトムが金属板に貼りついて宇宙空間を漂流しているところから、スタートする．．
．．宇宙空間を漂う、小さな隕石のかけら（金属片）の上に、ロボットが熔けて貼りついていた。それを拾ったルルル星人たちは、電子頭脳の脳波を読み出す。そこには、鉄のかけらに乗って、恒星に飛び込むロボットの姿があった。アトムだ。
彼らは超科学力で、アトムを蘇らせる。ただ、機械で作られたアトムの体は、どうにも幼稚で原始的すぎるので、もっと高性能に改造する。プロテクターをつけ、人工皮膚の硬度を１０倍にし、額には第三の目。（なにしろ彼らは、三つ目族なのだ。）
生き返ったアトムは、熔けて漂流していた事情は憶えていないが、地球のロボットである、ということだけは憶えていた。ルルル星人は、ホームシックに悩むアトムを地球に帰すことにするが、女の子ロボット・スピカを同行させる。彼女の役目は、地球をスパイすること。良い星ならば地球人に力を貸し、悪い星なら処分する。ルルル星の船長からの中止指令が無い限り、３年後には地球の中心にもぐって、自爆すること．．
